Sau năm 1954, huyện Như Xuân có 16 xã: Bình Lương, Cán Khê, Cát Tân, Mậu Lâm, Phượng Nghi, Tân Bình, Thanh Kỳ, Thanh Lâm, Thanh Sơn, Thượng Ninh, Xuân Bình, Xuân Du, Xuân Khang, Xuân Thái, Xuân Thọ, Yên Thọ.

Ngày 4 tháng 9 năm 1964, chia xã Cát Tân thành 3 xã: Cát Tân, Cát Vân và Hóa Quỳ; chia xã Mậu Lâm thành 2 xã: Mậu Lâm và Phú Nhuận; chia xã Thanh Lâm thành 2 xã: Thanh Lâm và Thanh Phong; chia xã Thanh Sơn thành 2 xã: Thanh Sơn và Thanh Quân; chia xã Thượng Ninh thành 2 xã: Thượng Ninh và Yên Lễ; chia xã Xuân Khang thành 2 xã: Xuân Khang và Hải Vân; chia xã Xuân Thái thành 2 xã: Xuân Thái và Xuân Phúc.

Ngày 15 tháng 3 năm 1969, thành lập thị trấn nông trường Bãi Trành và từ ngày 9-1-2004, giải thể để thành lập 2 xã Bãi Trành và Xuân Hòa.

Ngày 29 tháng 8 năm 1980, chia xã Yên Thọ thành 2 xã: Yên Thọ và Yên Lạc; chia xã Thanh Kỳ thành 2 xã: Thanh Kỳ và Phú Sơn; chuyển xã Phú Sơn về huyện Tĩnh Gia quản lý.

Ngày 2 tháng 10 năm 1981, chia xã Hóa Quỳ thành 2 xã: Hóa Quỳ và Xuân Quỳ.[1]

Ngày 14 tháng 12 năm 1984, chia xã Thanh Kỳ thành 2 xã: Thanh Kỳ và Thanh Tân; chia xã Thanh Lâm thành 2 xã: Thanh Lâm và Thanh Xuân.

Ngày 29 tháng 2 năm 1988, chia xã Hải Vân thành 2 xã: Hải Long và Hải Vân; chia xã Xuân Phúc thành 2 xã: Xuân Phúc và Phúc Đường.

Ngày 14 năm 9 năm 1989, thành lập thị trấn Yên Cát - thị trấn huyện lị huyện Như Xuân trên cơ sở một phần diện tích và dân số của xã Yên Lễ.

Cuối năm 1995, huyện Như Xuân có thị trấn Yên Cát, thị trấn nông trường Bãi Trành và 30 xã: Bình Lương, Cán Khê, Cát Tân, Cát Vân, Hải Long, Hải Vân, Hóa Quỳ, Mậu Lâm, Phú Nhuận, Phúc Đường, Phượng Nghi, Tân Bình, Thanh Kỳ, Thanh Lâm, Thanh Phong, Thanh Quân, Thanh Sơn, Thanh Tân, Thanh Xuân, Thượng Ninh, Xuân Bình, Xuân Du, Xuân Khang, Xuân Phúc, Xuân Quỳ, Xuân Thái, Xuân Thọ, Yên Lạc, Yên Lễ, Yên Thọ.

Từ ngày 18 tháng 11 năm 1996, tách 16 xã: Thanh Kỳ, Thành Tân, Xuân Thái, Yên Lạc, Yên Thọ, Xuân Phúc, Phúc Đường, Xuân Thọ, Xuân Khang, Hải Long, Phú Nhuận, Mậu Lâm, Phượng Nghi, Xuân Du, Cán Khê, Hải Vân thành lập huyện Như Thanh. Huyện Như Xuân còn lại 1 thị trấn và 14 xã.

Ngày 5 tháng 8 năm 1999, thành lập xã Thanh Hòa trên cơ sở 9.187 ha diện tích tự nhiên và 1.813 nhân khẩu của xã Thanh Phong.

Ngày 9 tháng 1 năm 2004, giải thể thị trấn nông trường Bãi Trành để thành lập 2 xã Bãi Trành và Xuân Hòa.

Ngày 16 tháng 10 năm 2019, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 786/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã thuộc tỉnh Thanh Hóa (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 12 năm 2019)[2]. Theo đó:

• Sáp nhập xã Yên Lễ vào thị trấn Yên Cát
• Sáp nhập xã Xuân Quỳ vào xã Hóa Quỳ.

Huyện Như Xuân có 1 thị trấn và 15 xã như hiện nay.